Hola. de nuevo pregunta antigua.
¿Todavía no te has dado cuenta que estas trabajando con php? El html lo genera el servidor cuando llega un visitante (de ahí las ventajas de usar caché) son contenidos dinámicos que se generan continuamente.
En principio solo puedes editar las apariencias usando php en el editor que tiene el propio WordPress. Obviamente puedes hacerlo por FTP y tu editor, pero si no conoces bien como funciona WordPress, la Plantilla, los plugins y el mismo PHP vas a tener más problemas que ventajas.
En la actualidad puedes añadir CSS personalizado para páginas o espacios concretos, y debería ser suficiente a menos que estés creando un sitio completamente ecléctico.